PEFC-sertifioinnissa toimintaa tarkastellaan vuosittain riippumattoman osapuolen, sertifiointiyrityksen, suorittamilla auditoinneilla. Mikäli auditoinneissa havaitaan puutteita PEFC-vaatimuksiin nähden tai lain noudattamisessa, kirjataan siitä poikkeama. Poikkeamaan laaditaan korjaavat toimenpiteet alueellisessa sertifiointitoimikunnassa ja ne jalkautetaan toimijoille, kun auditoija on hyväksynyt ne riittäviksi poikkeaman laatu huomioiden.
Poikkeamat kirjataan toimijakohtaisten tarkastusten havainnoista, sisäisessä tiedonkeruussa ilmoitettujen puutteiden tai viranomaislausuntojen esiin tuomien tapausten pohjalta. Myös Metsäkeskuksen toteuttaman luontolaadun seurannan tuloksia tarkastellaan auditoinnissa. Toimijat ulkoiseen auditointiin valitaan vuosittain otannalla, jolloin he myös edustavat koko sertifiointiryhmää kyseisen vuoden auditoinnissa.
Alueellisen PEFC-ryhmäsertifioinnin toteutusmallissa poikkeamat muodostuvat yleensä useampien havaintojen pohjalta, jolloin on mahdollista, että havaittuja puutteita esiintyy muuallakin sertifiointiryhmässä. Yksittäinen toimija harvemmin omalla toiminnallaan aiheuttaa poikkeamaa koko sertifiointiryhmälle, mikäli kyseessä ei ole merkittävä laiminlyönti, tai esimerkiksi lain vaatimusten vastainen toiminta.
Auditointitulosten pohjalta alueelliset PEFC-sertifiointitoimikunnat laativat korjaavien toimenpiteiden suunnitelman, joka auditoijan hyväksynnän jälkeen jalkautetaan sertifiointiryhmälle. Korjaavilla toimenpiteillä toiminta pyritään saamaan vaatimusten mukaiseksi. Koska alueellisessa PEFC-ryhmäsertifioinnissa poikkeamat eivät yleensä kohdistu yhteen toimijaan, vaan koko sertifiointiryhmään, tulee jokaisen toimijan osaltaan tarkastaa, että organisaation toiminta on kunnossa niiden kriteereiden osalta, joihin poikkeamia on kirjattu.
Mikäli toimijat havaitsevat puutteita omassa toiminnassaan samoissa kriteereissä, joihin poikkeamat on kirjattu, toimijat sisällyttävät korjaavat toimenpiteet toimintatapoihinsa. Vaikka oma toiminta olisi kriteerien mukaista, korjaavia toimenpiteitä voi hyödyntää toiminnan kehittämisessä. Toimijat voivat viestiä aihepiireistä esimerkiksi asiakas- tai jäsenviestinnässään ja osallistua tai järjestää koulutuksia aiheiden tiimoilta. Seuraavan vuoden auditoinnissa auditoija tarkastelee korjaavien toimenpiteiden toteutumista alueellisen toimikunnan auditoinnissa, sekä toimijakohtaisilla käynneillä.
Itäisen- ja läntisen PEFC-alueen auditointituloksiin on jo laadittu korjaavat toimenpiteet, jotka löytyvät täältä. Pohjoisen PEFC-alueen korjaavat toimenpiteet odottavat auditoijan hyväksyntää, jonka jälkeen ne lähetetään tiedoksi sertifiointiryhmäläisille.
